测序完之后,怎么看测序结果
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测序完之后,怎么看测序结果
你是Sanger测序还是二代测序?Sanger测序的话一般公司都会给你两个文件,一个是峰图的文件,还有个能用文本文档打开的文件,里边是测序得到的序列,峰图可以用软件打开,比如Chromas Lite是一个免费软件,网上就能下到。若是二代测序的话就需要生物信息学的人给处理下才能看了
测序基因图软件请教
思路不对哈。 测序公司给出的测序结果包含两部分:一是测序结果,二是测序对应的信号波峰,信号主要是反应测序结果的可靠性的。 如上图所示,信号很好,那就说明测序没有问题。你可以大胆的进行序列比较,也就是alignment。 我用DNAMAN给你演示一下吧 首先依次点击file-open special-AB1/SCF trace 打开扩展名为.ab1的测序图谱,查看没有问题。 接下来序列比较:依次点击sequence-alignment-mutiple sequence alignment 出现一个对话框 ,点击file添加扩展名.seq的基因序列----就是你所说的(目的基因序列,野生型和突变型),选DNA,按提示下一步直到完成。对比结果就出来了。 小弟采纳我的意见吧,我最近特需要分值,以后有啥问题,记得发问找我呀。
DNA测序图 当有一杂峰位于两个峰之间为,怎么判断?是判为测序错误,还是杂合?
你这两个图不像杂合,也不是测序错误,而是前面C信号太强,在下一次碱基测的时候信号还没有衰减下去,就有了这么个貌似杂合的峰。
如果你知道自己提的就是纯合子的话,应该没什么问题。当然,如果你的目的是测SNP的话,可以留意一下上面那张图。
如何通过测序峰图查找snp位点
既然你说是峰图
那么你的测序数据应该是一代测序
找SNP 主要是看峰,如果单个位置有2个峰出现,那么该位点就可能是一个SNP位点。不同峰所代表的碱基就是对应的基因型。
什么是天体生物学
据了解,天体生物学,指研究天体上存在生物的条件及探测天体上是否有生物存在的学科。地外生物学,又称外空生物学,在天文学中,是研究太阳系除地球外其他行星及其卫星上和其他恒星的行星系上可能存在生命现象的理论,以及探讨探测方法和手段的交叉学科。
研究地球以外的天体上生物存在的学科。研究其他天体上是否存在生物的问题,首先要明确那里是否具备存在类似地球上生命的必要条件。①必要的组成物质:即能够合成有机物的碳、氢、氧、氮等元素。现在已知这些元素在宇宙中是相当普遍存在的。②适宜的温度:生命需要光和热,但又必须适中。在高温下碳**的化学键会破坏,而过低的温度又会使生命所必需的生物过程停顿。③液态的水:这是生物体必要的组成成分,也是生物体内进行各种生物化学反应的必要介质。④大气:许多作为生命起源的天然有机物,必须在大气中通过紫外线照射和电火花才能合成。大气还起保护作用,使生命免受陨石和宇宙线的伤害,使水不致大量汽化而逸失。⑤必要的时间:上述条件必须存在很长时间,然后才会有生命的产生和发展。
恒星温度太高,任何生命形态都不可能存在;小行星、彗星等体积太小,不能保持厚层大气,无法维持生命的发生和发展。只有一部分行星和某些卫星才有可能具备上述条件。太阳系内,水星表面温度约为400℃,日夜温差很大;金星表面温度约480℃,木星约-140℃,土星约-180℃,天王星、海王星和冥王星的表面温度更低,都不适于生命存在。对于火星,宇宙飞船着陆探测结果表明,在火星着陆点附近土壤中尚未发现任何生命形态。月球上白昼温度高达127℃,夜晚温度又低至-183℃,而且月球上既无大气,又无液态水,不具备生命存在的条件。登月探测并未发现月球上有生命存在。有些科学家认为土星的一颗卫星──土卫六,可能存在生命,但尚待证实。即使太阳系内其他行星、卫星都不存在生命,也不能说宇宙间只有地球上才有生命(见其他行星系)。银河系估计有几百亿颗行星,其中约有100万颗可能具有类似地球这样能够孕育生命的行星。在星际空间中已经发现五十种以上的星际分子。在落到澳大利亚默奇森和美国肯塔基地区的陨石中,已发现氨基酸这种有机物。这些都表明宇宙中其他天体可能存在生命。
地球上产生生命的基础是碳和水。但在其他天体上产生生命的基础不一定是碳分子,可能是其他分子,例如硅。其他天体上生命存在的条件和进化的道路有可能与地球上的生物很不相同。另外,如果构成生命的基本粒子并不结成通常所称的**和分子,那就会形成完全不同的生物。即使由分子组成的生物也不一定会和地球上相似。那种生物可能由超导物质组成,其形状和性质就会完全不同。
怎样阅读基因测序图?
现在测序后,一般都是机器阅读,你要自己阅读的话,就照DGGE后顺序,拿着胶,按分子量从大到小一个一个读就好了。
测序波形图双峰怎么读
你指的是SNP吧,你可以在百度搜索下这个关键词,就能找到你想要的内容了。
如何降低下一代测序1%的碱基错误识别
如何降低下一代测序1%的碱基错误识别
测序发现引物区域有突变,特别是40个碱基以下的引物, 发生的概率不大,但是肯定也会发生。用户一般可以放心,引物序列一般都是通过电脑直接将您的序列COPY到合成仪的,碱基输错的机会不多。我们有一套控制办法,预防碱基输入错误。发生这种突变的原因有很多解释,人们还没有办法彻底解决这个问题。引物合成的固相合成原理都一样,采用的机器也基本相同,合成主要原料都是由可数的几家跨国公司提供的,所有每个合成服务商遇到的问题也基本类似,没有人可以超脱。
引物合成是一种多步骤的化学反应,合成效率最高也就是99%,副产品不可以避免。引物序列中插入突变往往是碱基重复,一般认为,偶连过程中,正在偶连的部分单体发生丢失DMT,导致单体又接了上去,故发生插入同一碱基的突变。至于缺失突变,一般认为是一般认为是带帽(capping)反应不彻底造成的,Caping反应主要是封闭极少数5"-羟基没有参加反应单体。被封闭的引物,在下一轮偶连时将不能继续参与合成。对于碱基置换的突变,产生的原因一般认为是碱基不能100%脱保护,即引物上可能含有残留保护基团,引物的这些区域不能很好地与互补链配对,当扩增的产品被亚克隆转化到大肠杆菌(Escherichia coli)中,可能被细菌中修复系统补上了非配对的碱基。置换突变通常发生在G 转换成其它碱基。碱基G在一定条件下可以转化为烯醇异构体 (脱嘌呤),2,6 diaminopurine , DNA复制和扩增过程中DNA聚合酶将2,6 diaminopurine看作碱基A,测序就会发现碱基G-A置换。脱嘌呤现象在富含嘌呤的引物中发生的频率较高。脱嘌呤的引物在引物后处理脱保护阶段如果被降解,测序就会发现碱基G或A的缺失。
引物合成过程中,造成碱基插入,缺失,置换突变的因素客观存在,有不少降低发生的频率建议和措施,但是这些措施还停留在实验室阶段,还没有能够应用到规模化生产中。
测序后如何分析基因突变?
1. 假设你测的是一个基因的序列,如果已知这个基因的序列,则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对,分析看两者在哪个地方不对应,不对应的地方即为突变的地方。比对的软件有sequencher,或者去NCBI网站点击BLAST进行。
2. 如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结果进行比对,分析一致的地方以及不一致的地方。